Also ...
Die Sache mit der Warterei ist klar geregelt, schau einfach mal ins Regelbuch und die Spielordnung Deines Verbandes (ich verrate es Dir jetzt bewusst nicht, außerdem folgt sonst wieder die Diskussion, wie das womöglich in diesem oder jenem Verband gehandhabt wird). Eine Passkontrolle findet, so der Schiedsrichter sie vornehmen muss, vor dem Spiel statt - ohne wenn und aber, denn auf die paar Minuten kommt es wahrlich nicht mehr an. Schwieriger sind die Fälle, in denen der Spieler schon da ist, sein Pass aber noch nicht - wie ein SR das handhabt, muss jeder mit seinem Gewissen entscheiden (zu mir reiste letzte Woche noch der Vereinsstempel, da das Passbild im Spielerpass noch nicht abgestempelt war 
).
Von Namen lass Dich nicht beeindrucken, die sind allenfalls Indiz, entscheidend ist, wie Du auf dem Platz agierst. Befürchtest Du Schimpfereien, pfeife einfach kleinlich - darüber wird zwar auch gemeckert, aber es besteht keine echte Gefahr, dass es zu schwierigen Situationen kommen wird, Hauptsache ist, dass beide Mannschaften gleich behandelt werden, dafür haben die ein gutes Gespür. Kann jemand mit Vorteil nicht umgehen, wird eben gepfiffen - ein zufriedener Spieler, die eventuell vertane Chance ist mir dann egal; besser ein Spieler reklamiert "Vorteil" als er fühlt das Foul gegen ihn nicht beachtet (ist zwar als offizielle Linie nicht so gut, dämpft aber potenzielle Konflikte enorm). Wie Du schreibst hattest Du 2 Strafstöße, die offenkundig gerechtfertigt waren - einen besseren Nachweis der Konsequenz des SR gibt es nicht, denn gerade Neulinge haben oft Angst vor dem Strafstoßpfiff oder - kommt auch vor - sind mit selbigem zu schnell bei der Sache.
Den Ball prüfst Du vor dem Spiel. Befindest Du ihn als in Ordnung, so wird damit gespielt, Ende Banane. Nur bei begründetem Verdacht (z.B. Verlust von Luft, die sich an geändertem Sprungverhalten des Balles leicht erkenne lässt), wird dieser erneut geprüft bzw. ausgewechselt. Merke: Mit dem Ball müssen beide Seiten spielen.
Einwechslungen in der Jugend sind so eine Sache, die wieder verbandsspezifisch ist. Manche Verbände erlauben die Wiedereinwechslung, andere nicht, teilweise auch abhängig von der Spielklasse. Wie die Usancen bezüglich der Eintragung im Spielbericht sind, frage lieber Deinen KSO oder Lehrwart.
Der Umstand, dass Dein Pate nicht da war, ist sicher bedauerlich, aber eben nicht zu ändern. Versuche, dass er (oder ein anderer Pate) zu Deinem nächsten Spiel kommt, weil man aus kompetenter Rückmeldung viel lernen kann.
Per saldo scheint Dein Spiel doch gut gelaufen zu sein, eine erste positive Erfahrung. 