Grundsätzlich: Hallenregeln sind individuell in jedem Verband geregelt. Ähnlichkeiten sind daher rein zufällig und nicht gewollt... jedenfalls so ähnlich.
Da die Sache wohl in Bayern passiert ist und die Hallenrichtlinie diesbezüglich nichts hergibt, betrachten wir die Sache doch mal rein theoretisch:
Gemäß Richtlinie sind alle Spiele von Schiedsrichtern zu leiten. Zu den Aufgaben des Schiedsrichters gehört nach Regel 8, das Spiel mit einem Zeichen beginnen zu lassen. Gemäß Anweisung des DFB ist das Zeichen zum Spielbeginn der Pfiff (das sollte sich der SR auch nicht in der Halle nehmen lassen).
Interessanter Weise schweigt sich die Regel zum Thema Spielbeendigung aus. Es wird lediglich eine Spielzeit angegeben und eine mögliche Verlängerung des Spielzeit in das Ermessen des Schiedsrichters gestellt. Die Art und Weise, wie das Spiel zu beenden ist, habe ich weder in den Regeln noch in den Anweisungen gefunden. Üblicher Weise geht man davon aus, dass dies wie üblich mit einem Zeichen des SR geschieht, also allgemein üblich mit einem Pfiff (wie beim Beginn des Spiels).
Theoretisch kann also ein Pfiff oder ein Signal eines Zeitnehmers/Turnierleitungsmitglieds das Spiel gar nicht unterbrechen. Der Ball war also zum Zeitpunkt der Überquerung der Torlinie im Spiel und das Tor somit regelgerecht erzielt.
Und nun zur Praxis. In der Halle ist es üblich, dass die Spielzeit von Zeitnehmern gemessen wird, um den Schiedsrichter zu entlasten. Üblicher Weise wird das Vorgehen vor Turnierbeginn zwischen Schiedsrichter(n) und Zeitnehmer abgestimmt. Herr über die Spielzeit ist allerdings einzig und allein der Schiedsrichter. Wenn der SR sagt, wir spielen 10 Sekunden über die Zeit, dann wird 10 Sekunden über die Zeit gespielt. Zurück zum normalen Ablauf. Viele automatische Uhren haben eine Endsirene. Der Einfachkeit halber übernimmt der SR dieses Signal als Zeichen zum Spielende. Die Beurteilung, ob ein Ball allerdings vor dem Ende des Spiels die Torlinie überschritten hat, obliegt ihm einzig und allein selbst.
Zeitnehmer ohne die Möglichkeit zur automatischen Sirene haben es hier schwerer. Entweder sie können manuell eine Sirene bedienen oder müssen sich mit Gong, Pfeife oder was auch immer behelfen. Eben um Vorfälle wie den geschilderten zu vermeiden, würde ich es mir als SR aber verbitten, dass jemand anderes als der jeweilige SR eine Pfeife bedient. Nachdem es aber nun mal so war, dass der Zeitnehmer eine Pfeife hatte und diese auch benutzte, muss man die Frage nach der Konsequenz beleuchten.
Wenn der Ball deutlich und ohne Abwehrmöglichkeit ins Tor gegangen ist und dies auch wäre, wenn kein Pfiff erfolgt wäre, weil weder ein Spieler hätte eingreifen können noch ein solcher durch den Pfiff irritiert sein hätte können, dann wäre die einzig richtige Spielfortsetzung Anstoß gewesen, da der Ball im Spiel gewesen ist und auch kein irrtümlicher Pfiff des Schiedsrichters das Spiel vorher unterbrochen hatte.
In allen anderen Fällen ist hier eine Beeinflussung des Spielgeschehens durch Außen durch den Pfiff anzunehmen. Es reicht schon, wenn der Torwart (oder auch ein anderer Spieler) auch nur eine theoretische Chance gehabt hätte, den Ball zu erreichen und es evtl. die Möglichkeit gegeben hätte, das der Torwart oder der Spieler durch den Pfiff in irgendeiner Weise irritiert wurde und deshalb nicht mehr an den Ball gekommen ist, dann ist meiner Meinung nach die Spielfortsetzung SR-Ball korrekt. Es muss aber in jedem Fall sicher gestellt sein, dass der Vorfall im Spielberichtsbogen oder per Meldung dem Sportgericht zur Beurteilung vorgelegt wird, und natürlich, dass sich der Vorfall nicht wiederholt.